招标人或招标代理机构与投标人进行协商，协商达成一致意见后签订变更合同。此外，及时沟通和协商，确保变更过程的顺利进行也是非常重要的。
在建筑工程招投标过程中，如果发生工程变更，需要按照以下步骤进行处理：
1. 变更原因评估：确定工程变更产生的原因，以及对工程造成的影响，例如设计变更、材料变更、工期变更等。
2. 变更审核：在变更产生之后，由招标人或招标代理机构对变更进行审核，包括变更的合理性、技术可行性、工程进度影响等方面的评估。
3. 变更申报：如果变更经过审核并认可，招标人或招标代理机构需向投标人发出变更通知书，并要求其提出变更申请。
4. 变更协商：投标人收到变更通知书后，可以根据实际情况提出工程变更的报价、工期变更等要求。招标人或招标代理机构与投标人进行协商，协商达成一致意见后签订变更合同。
5. 变更公告：招标人或招标代理机构需发布变更公告，向其他投标人说明变更的情况，并给予他们相应的权益保护，例如修改投标文件，重新评标等。
6. 工程变更实施：根据变更合同的约定，执行工程变更的相关内容，包括设计、施工、材料等方面的变更。
需要注意的是，在处理工程变更时，要确保变更过程的合法性和透明度，以保证投标人的权益，同时遵循相关法律法规和合同的约定。此外，及时沟通和协商，确保变更过程的顺利进行也是非常重要的。