无论选择何种方式，建筑工程招标代理机构的服务费应该在市场合理范围内，并且要和提供的服务内容相匹配。同时，还要考虑到代理机构的利润和可持续发展，确保服务费能够覆盖其运营成本，并保持服务质量的稳定和提升。
合理制定建筑工程招标代理机构的服务费需要考虑以下几个因素：
1. 工程规模和复杂程度：工程规模越大、复杂程度越高，代理机构需要投入的人力、物力和时间成本就越高，因此服务费可以适当提高。
2. 代理机构经验和知名度：具有较高知名度和良好声誉的代理机构往往具备更多的经验和专业能力，因此服务费可以适当提高。
3. 提供的服务内容和质量：不同的代理机构提供的服务内容和质量可能有所不同，一些代理机构可能提供更全面和专业的服务，因此服务费可以适当提高。
4. 市场行情和竞争情况：根据市场的供需关系和代理机构的竞争情况，服务费可以适当调整。如果市场竞争激烈，代理机构可能会降低服务费以吸引客户；如果市场较为稳定，代理机构可以适当提高服务费。
在确定服务费的具体金额时，可以通过以下几种方式来进行合理制定：
1. 固定费用：固定费用是指按照工程规模或预算金额来确定的费用，通常可以根据经验或市场行情进行合理估算。
2. 百分比费用：百分比费用是指根据工程预算的一定比例来确定的费用，例如按照工程预算的1%或2%来计算服务费。
3. 阶段性费用：针对工程的不同阶段，可以制定不同的费用标准，例如初步设计阶段、施工图设计阶段、招标阶段、施工阶段等可以设定不同的费用。
无论选择何种方式，建筑工程招标代理机构的服务费应该在市场合理范围内，并且要和提供的服务内容相匹配。同时，还要考虑到代理机构的利润和可持续发展，确保服务费能够覆盖其运营成本，并保持服务质量的稳定和提升。